Здание библиотеки было построено в 18 веке на территории университета Коимбры, являющимся одним из старейших в Европе. Возведение библиотеки проходило при поддержке короля Португалии Жуана V, в честь которого библиотека и получила свое имя, и чей портрет украшает стену зала. Библиотека построена в ярко выраженном барочном стиле, с обилием золоченых деталей и использованием редких пород дерева для мебели. Использование древесины тика вкупе с толстыми внешними стенами здания способствует поддержанию в залах оптимальной температуры.

Коллекция библиотеки насчитывает порядка 250 тыс. томов, среди которых есть уникальные – например, один из 20 сохранившихся до наших дней экземпляров древнеиудейской Библии.
Доступ в библиотеку Жуанина открыт как для студентов университета, так и для туристов.